Artykuły były zbiorem przepisów prawnych zawierających najważniejsze uregulowania dotyczące ustroju państwa oraz określających stosunki między sejmem a monarchą. Gwarantowały szlachcie zachowanie przywilejów, swobodę wyznania religijnego, określały zasady ustroju Rzeczypospolitej, w tym wybór kolejnych władców przez ogół szlachty wyłącznie w drodze wolnej elekcji. Zobowiązywały króla do zwoływania co dwa lata sejmu walnego, a w razie potrzeby sejmu nadzwyczajnego i powołania królewskiej rady złożonej z 16 senatorów-rezydentów, współdecydujących o istotnych sprawach państwowych. Kompetencje ustawodawcze spoczywały w gestii Sejmu, który kontrolował także politykę wewnętrzną i zagraniczną. Szlachta uzyskała ponadto prawo do wypowiedzenia posłuszeństwa królowi, jeśli ten złamałby przyjęte zobowiązania.

Niektórzy polscy historycy prawa skłonni są traktować artykuły henrykowskie jako pierwszą ustawę o charakterze konstytucyjnym.

W sygnowanym licznymi pieczęciami uroczystym dokumencie jego sygnatariusze uregulowali najbardziej palące kwestie. Jedną z nich jest zawarta w punktach 3 i 4 gwarancja zachowania pokoju pomiędzy wyznawcami różnych reprezentowanych w Rzeczypospolitej wyznań. Sygnatariusze zobowiązali się wzajemnie do sprzeciwienia się ewentualnym próbom zainicjowania prześladowań na tle religijnym. Zaznaczono przy tym, że kwestie religijne nie mogą stać się pretekstem do podważenia ustroju społecznego.

Istotne znaczenie dla genezy tego postanowienia miał fakt, że wśród kandydatów do tronu po śmierci Zygmunta Augusta ważne miejsce zajmował francuski królewicz Henryk Walezy, którego oskarżano o bezpośredni udział w rzezi francuskich hugenotów w czasie nocy św. Bartłomieja w Paryżu (23–24 sierpnia 1572). Zgodnie z postanowieniem dokumentu, polskie poselstwo, które udało się do Francji po elekcji Henryka na tron Rzeczypospolitej, zażądało od elekta złożenia uroczystej przysięgi dochowania zasad konfederacji warszawskiej. Henryk złożył ją w katedrze Notre Dame.

O tym, że postanowienia konfederacji warszawskiej miały obowiązywać na stałe, a nie tylko w okresie bezkrólewia i panowania Henryka Walezego, świadczy wpisanie wolności wyznania do Artykułów Henrykowskich.