Dwustronny atak Niemiec i ZSRS we wrześniu 1939 roku doprowadził do rozbioru państwa polskiego. Pomimo utraty niepodległości, nadal funkcjonowały legalne władze, które organizowały we Francji, a później w Wielkiej Brytanii siły zbrojne. W tej sytuacji głównym celem działających na uchodźstwie władz polskich była walka o odzyskanie przez Polskę niepodległości. Odbudowywano armię, szkolono żołnierzy, kompletowano sprzęt. Równocześnie tworzono cywilne i wojskowe struktury konspiracyjne w kraju. Nie było to łatwe – okupowane przez Niemców i Sowietów ziemie polskie były właściwie odcięte od wolnego świata, a za każdą nielegalną działalność groziła śmierć lub zesłanie do obozów koncentracyjnych, takich jak Auschwitz czy Mauthausen-Gusen.
Polityka niemiecka w stosunku do ludności podbitych ziem polskich cechowała się szczególną brutalnością i bezwzględnością. Niemal od pierwszych dni okupacji Niemcy zaczęli niszczyć polską inteligencję. Mordowano lub zsyłano do obozów koncentracyjnych ludzi nauki, nauczycieli, urzędników, przedwojennych polityków. Podobną politykę w tym samym czasie prowadzili Sowieci.
Jeszcze gorszy los Niemcy wyznaczyli ludności żydowskiej. Zaczęto gromadzić ją w wyznaczonych częściach miast, stopniowo oddzielając je murami i zasiekami, w ten sposób tworząc getta. Pozbawiano Żydów majątku, a przydziały kartek żywnościowych stopniowo były zmniejszane, tak że wielu umierało z niedożywienia i chorób. Polityka niemiecka jeszcze bardziej zbrutalizowała się po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej w czerwcu 1941 roku. Oddziały niemieckie na zdobywanych terenach dokonywały masowych mordów ludności żydowskiej.
Równolegle Niemcy rozpoczęli przygotowania do masowej eksterminacji Żydów. W końcu grudnia 1941 roku uruchomiono ośrodek zagłady Kulmhof (Chełmno nad Nerem). W styczniu 1942 roku Niemcy podjęły decyzję o „ostatecznym rozwiązaniu kwestii żydowskiej”. Oznaczało to, że wszyscy Żydzi mieli zostać wymordowani. W lipcu rozpoczęły się wywózki z getta warszawskiego do obozu zagłady w Treblince. Uruchamiano kolejne obozy śmierci, w tym Auschwitz II (Birkenau) i Sobibór. Izolowaniu Żydów towarzyszyło wprowadzenie przez Niemców kary śmierci dla Polaków, którzy ukrywaliby uciekinierów lub w inny sposób nieśli im pomoc.
Do komunikacji pomiędzy rządem na uchodźstwie a strukturami Polskiego Państwa Podziemnego wykorzystywano tajnych wysłanników. Emisariusze nie tylko przewozili dokumenty, ale również przekazywali ustne informacje i instrukcje od przywódców politycznych i wojskowych.
Jednym z takich emisariuszy był Jan Kozielewski, występujący pod konspiracyjnym nazwiskiem Jan Karski. Trzykrotnie realizował niebezpieczne misje z i do okupowanej Polski. Szczególnej wagi była jego ostatnia misja, z którą wyruszył jesienią 1942 roku. Przed wyjazdem z Warszawy Karski, oprócz rozmów z przywódcami polskich ugrupowań politycznych, spotkał się z przywódcami żydowskimi. Na ich prośbę dwukrotnie przekradł się do warszawskiego getta i do obozu w Izbicy, naocznie przekonując się o nieprawdopodobnych cierpieniach Żydów.
Raporty Polskiego Państwa Podziemnego, w tym świadectwo, które złożył Karski, stały się podstawą noty, którą polski minister spraw zagranicznych Edward Raczyński skierował 10 grudnia 1942 roku do państw sygnatariuszy Deklaracji Narodów Zjednoczonych. Nota jest prawdopodobnie pierwszym dokumentem międzynarodowym opisującym Holokaust i zawierającym wezwanie do wspólnych działań państw koalicji antyniemieckiej i ukarania winnych zbrodni. Nota Raczyńskiego została opublikowana jako broszura „The Mass Extermination of Jews in German Occupied Poland”, którą kolportowały polskie placówki dyplomatyczne.
