Konflikt szlachty z duchowieństwem sięgał jeszcze średniowiecza i w dużej mierze dotyczył granic sądowej jurysdykcji świeckiej i duchownej. Ich rozgraniczenie było jednak bardzo trudne: roszczenia obu stron często nachodziły na siebie, prowokując do skomplikowanej dyskusji, w której słuszne prawa mieszały się ze źle pojętym interesem grupowym. Główną kością niezgody pozostawała jurysdykcja sądów duchownych nad stanem szlacheckim. Spór nie byłby tak gorący gdyby kler wyrokował wyłącznie w sprawach o herezję. Bywało jednak, że szlachcic mógł zostać wyklęty za uchylenie się od opłaty na rzecz biskupa.
Spór nabrał nowego wymiaru wraz z nadejściem reformacji. W pierwszym odruchu polska szlachta bardzo zbliżyła się do kalwinizmu, którego wizja wspólnoty wydawała się atrakcyjniejsza niż luterańska. Paradoksalnie jednak, zwrot ten był nacechowany konserwatyzmem teologicznym i szczerą chęcią reformy Kościoła. Jeden z bliskich współpracowników nuncjusza papieskiego w Rzeczpospolitej odnotował w 1565 roku, że w sprawach dogmatycznych rycerstwo pozostaje katolickie. Dopiero gdy wywoła się hasło obrony przywilejów stanu duchownego, nikt nie deklaruje się katolikiem. Podobnie, zmiana wyznania stanowiła najlepszy sposób, by uciec sprzed jurysdykcji sądu duchownego.
Reformacja w Rzeczpospolitej przebiegła relatywnie spokojnie: nie doszło do palenia na stosach lub, jak choćby we Francji, do wojny domowej. Nie znaczy to jednak, że nie dochodziło do żadnych ekscesów. Paliwem dla argumentacji katolickiej były akty profanacji obrazów, postaci eucharystycznych i przejmowanie świątyń. Domagano się za to kar, ale wyroki w tych sprawach znów mógł wydać tylko sąd biskupi, którego jurysdykcji nikt nie chciał. Ten splot sprzecznych uprawień oraz ambicji religijnych gdzieś trzeba było przeciąć. Udało się to zrobić po długich dyskusjach na sejmie piotrkowskim 1562/1563. Zabraniając starostom wykonywania wyroków sądów duchownych, uchwała roku 1563 de facto znosiła jurysdykcję duchowną nie tylko w sprawach o wiarę, lecz także w sporach majątkowych.
