Najdalej wysunięte na południowy wschód ziemie Rzeczypospolitej licznie zamieszkiwali Kozacy zaporoscy: ludność wolna, o częściowo uregulowanym statusie prawnym. Zagrożeni przez najazdy Tatarów krymskich, żyli w stałej gotowości bojowej, dzięki czemu byli znakomitymi żołnierzami. Cały wiek XVI oraz pierwsza połowa XVII dostarczyły licznych świadectw ich waleczności w obronie Rzeczypospolitej. Jednocześnie, często dokonywali oni najazdów na ziemie tureckie, prowokując kryzysy dyplomatyczne pomiędzy Warszawą a Stambułem. Rzeczpospolita próbowała wziąć ich w ryzy, część z nich biorąc na żołd (tzw. rejestr kozacki), a część próbując zamienić w chłopów pańszczyźnianych.
W konsekwencji, regularnie wybuchały bunty kozackie, stawiające sobie za cel zwiększenie rejestru, oraz uzyskanie gwarancji praw, zabezpieczającej przed narzuceniem Kozakom statusu chłopskiego. Największy z buntów nastąpił w 1648 r., pod wodzą Bohdana Chmielnickiego, a osłabiona Rzeczpospolita, okazała się wobec niego bezradna. Kilka kompromitujących klęsk militarnych doprowadziło do umocnienia się buntowników na południowo-wschodnich ziemiach, nad którymi Warszawa straciła kontrolę. Przeciągająca się wojna, której żadna ze stron nie mogła rozstrzygnąć na swoją korzyść, doprowadziła do wyniszczenia ziem ukrainnych, jak również do znacznego obciążenia ekonomicznego Rzeczypospolitej. Kozacy wciągnęli również do wojny Moskwę, poddając Ukrainę władzy carskiej.
Kiedy hetmanem powstania został Iwan Wyhowski, przewagę wśród Kozaków zdobyli zwolennicy porozumienia z Polakami. Również po stronie polskiej dominowała chęć zakończenia wyniszczającej wojny. W konsekwencji, w 1658 r. zawarto Ugodę Hadziacką. Przekształcała ona Rzeczpospolitą Obojga Narodów w Rzeczpospolitą Trojga Narodów, przyznając odrębny status ziemiom, na których żyli Kozacy. Zakładała ona gwarancję praw ludności prawosławnej, a także stopniową nobilitację Kozaków. Powołano oddzielną drabinę urzędów dla ziem ukrainnych, które miały być obsadzone wyłącznie ludźmi z nich pochodzącymi, zaś szlachta mogła powrócić do swoich majątków.
Spory o to, czy Ugoda Hadziacka miała szanse zakończyć niszczącą wojnę domową trwają do dziś. Wkrótce po zawarciu unii, z inspiracji rosyjskiej przeciwko Wyhowskiemu zbuntowali się szeregowi Kozacy. Został on pozbawiony buławy hetmańskiej, a wojna z Rzeczpospolitą została wznowiona.
